La COPREDEH tiene una organización básica y general que ha sido modificada en cada administración, de acuerdo a sus necesidades. La estructura que adoptó la nueva administración contiene las siguientes instancias:
Funciones Sustantivas:
- Presidencia
- Dirección Ejecutiva
- Subdirección Ejecutiva
Direcciones:
- Dirección de Seguimiento de Casos Internacionales en Materia Derechos Humanos
- Dirección de Investigación e Informes
- Dirección de Análisis y Mediación de Conflictos con enfoque de Derechos Humanos
- Dirección de Mecanismos de Protección para Defensores DDHH, Administradores y Operadores de Justicia, Periodistas y Comunicadores Sociales
- Dirección de Educación y Cultura de Paz
Funciones Administrativas:
- Dirección Administrativa.
- Dirección Financiera.
- Dirección de Información y Comunicación.
- Dirección de Recursos Humanos.
- Dirección de la Política Pública de Reparación a las Comunidades Afectadas por la Construcción de la Hidroeléctrica Chixoy.
Funciones de Control y Apoyo:
- Dirección de Asesoría Jurídica.
- Dirección de Planificación, Seguimiento, Evaluación y Sistematización.
- Unidad de Género.
Funciones de Control:
- Auditoría Interna.
